El funcionamiento de una prueba de paternidad consiste en lo siguiente: todo lo que se necesita para realizar una prueba de ADN de paternidad es una muestra de ADN de saliva (hisopado bucal) del supuesto padre y del supuesto hijo/a. El ADN es extraído de las células de cada participante y luego amplificado para que la muestra sea más viable. Luego se analizan al menos 16 marcadores genéticos STR para cada participante (la línea base de Estudio de Paternidad es de 21 marcadores genéticos), utilizando un método llamado "Análisis de repetición en tándem corto" (STR), así resulta capturar la información genética de cada marcador.

Luego un genetista toma estos datos y usa un cálculo para determinar la probabilidad de que la persona evaluada sea el padre biológico del niño evaluado.

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